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罗切斯特大学最开始就在位于罗切斯特市区布法罗大街上的美国酒店（United States Hotel）里。1853年，校区东移至当时的郊区，现在的大学街（University Avenue）上。当地商人与国会议员Azariah Boody为新校区捐赠了8英亩的土地，后来学校又从他手中购买了17英亩的土地来建造新校区。罗切斯特大学一直保留并使用着这个校区，直到现在的River Campus校区于1930年建成，这之后，学校继续拥有一小部分大学街上的校区（学校所有的艺术纪念展览馆所在地）。校长David Jayne Hill允许第一位女学生Helen E. Wilkinson正式登记成为一名普通学生，但是她也没能被允许正式录取以及获取学位。直到1900年，33位女性学生才成为该校的正式学生，她们之中Ella S. Wilcoxen于1901年正式获得了学位。当River Campus于1930年建成后，男生被先转到新校区，而女生们则一直在University Avenue校区继续上课至1955年。
学校的主要发展出现在1900-1935年，学校的第三任校长Rush Rhees在职期间。在这期间，柯达公司的创办人乔治·伊士曼捐赠了超过5千万美元，成为学校的主要捐赠者。学校于1925年授初的第一个哲学博士学位。1955年，原先的男女分院正式合并为一个艺术科学及工程学院（University of Rochester College of Arts Sciences and Engineering）。1958年，学校成立了工程、工商管理以及教育三个新的学院。
1995年，学校第九任校长Thomas H. Jackson宣布了一项“复兴计划”，包括有缩减招生人数与制定更严格的招生审核流程。这个计划也修改了本科课程设置，并一直延续到现在。罗切斯特大学由董事会领导，Richard B. Handler为现任董事会主席。校长由董事会任命。现任校长为Sarah Mangelsdorf，其于2019年7月1日接任Richard Feldman。
罗切斯特大学历届校长
Martin Brewer Anderson，1853-1888
David Jayne Hill，1889-1896
Benjamin Rush Rhees，1900-1935
Alan Valentine，1935-1950
Cornelis de Kiewiet，1951-1961
W. Allen Wallis，1962-1975
Robert Sproull，1975-1984
Dennis O’Brien，1984-1994
Thomas H. Jackson，1994-2005
Joel Seligman，2005-2018
Richard Feldman，2018-2019（临时）
Sarah C. Mangelsdorf，2019-
校园
River Campus学生们经常会在暖和的月份聚集在各个空地庭院上。其它的学生生活中心还包括有Todd Union，Frederick Douglass饮食中心，位于Rush Rhees图书馆里的不同场所，以及由著名