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1906年5月，两江总督周馥易“三江”为“两江”，并根据《奏定学堂章程》条例，定名为“两江优级师范学堂”。1920年4月，郭秉文在校务会上提出，在南京高等师范的基础上创办一所国立大学议案，与会委员一致赞同。1924年秋，工科从东南大学划出，与河海工程专门学校组建成了国立河海工程大学。1928年2月29日，第四中山大学奉训令改称江苏大学。改名江苏大学引起校名风潮。4月24日，大学委员会以大学院337号训令，将“江苏大学”改称为“国立中央大学”。国立中央大学建立初期，工学院与国立第四中山大学时期一样，仍下设7科，后停办矿冶工程科和染织科。
1933年9月，工学院复办化工组，后改为系。
1934年11月，筹办机械特别研究班。
1938年8月，又发展为航空工程系，开创了中国的航空工程教育。抗日战争期间，避难四川的国立中央大学工学院下设土木系、机械系、电机系、建筑系、化工系、航空系、水利系等7系。
1943年4月，汪伪政府行政院通过在南京设立中央大学案，恢复中央大学。建校初设理、工两院，但很快便合并为理工学院，下设土木系、化工系、数理系、机械工程系。抗战胜利后，国立中央大学准备复员南京。1949年4月1日，南京爆发反对国民党政府的学生游行，遭到军警镇压，中大两名学生遇难。4月23日，解放军开进南京，军管会派赵卓到中大接管，宣布由梁希主持校务。8月8日，中大接华东学位证和毕业证通知，改名为国立南京大学（1950年10月去“国立”两字），潘菽任校长。
1950年，安徽大学土木系和艺术系并入南京大学。
这一时期，全校各学院的教学规模处于维持状态，只有工学院仍有一定发展。
1949年，工学院由钱钟韩任院长，仍设7个系共47名正、副教授。全校1949年有学生2363人，其中工学院634人，1951年全校本科生共2545人，其中工学院976人，占全校的38%，是当时学校最大的学院。校名
系科数
（专业数）
学生数
教员数
校名
系科数
（专业数）
学生数
教员数
南京工学院
7（23）
1948
265
华东水利学院
4（8）
1022
61
南京大学
13（28）
1772
254
华东航空学院
2
453
52
南京农学院
5
722
145
南京林学院
3（4）
236南京师范学院
6
638
106
—
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–1956年，同济大学工学院的机械系、电机系和造船系等支援南京工学院。
1957年，机械系扩分为机械一系（机械工程系）和机械二系（农业机械工程系）?br>东南大学本科文凭办理|Southeast University学历成绩单定制